Mevcuttaki rıhtım yanaşma yerleri konteyner limanı projesi kapsamında düzenlenecektir. Projeye göre yaklaşık 1000 metrelik doğu-batı doğrultulu rıhtım (su derinliği -12 ile -15 arasında değişen derinliklerde), yaklaşık 460 metrelik kuzey-güney doğrultulu rıhtım (-7 ve -12 metre su derinliğine taranacak) yapılacaktır. Yapılması planlanan projede kazıklı rıhtımlar 36 metre genişlikte planlanmış ve arka tarafında dolgu işlemleri öngörülmüştür. Yeni yapılacak yaklaşık 1000 metrelik rıhtımda; aynı anda gemi büyüklüklerine baglı olarak 3 post panamax ve 2 panamax tip gemiye veya daha fazla gemiye hizmet verilebilecektir. Proje kapsamında yapılması planlanan rıhtıma konteyner elleçlemesi için draftı 12 - 16 m derinliğinde 1000 m boyunda bir rıhtıma, boyu 366 m olan 166.000 DWT büyüklüğünde post panamax konteyner gemilerine ve 7 – 12 metre derinliğinde 450 m boyunda rıhtıma panamx tipi konteyner gemileri yanaşabilecektir. Proje kapsamında yeni kazanılacak alan ile birlikte TCDD Derince Limanı geri sahasında konteyner istiflemesi için toplam ~310.000 m² alan kullanılacaktır. Bu alanının bütünün, sadece konteyner stok sahası olarak kullanılması halinde yıllık depolama kapasitesi yaklaşık 2.000.000 TEU olacaktır. Konteyner stoklaması için kullanılabilecek alan 10 gün depolama süresi öngörülerek hesaplanmıştır. Ayrıca konteyner doldurma ve boşaltma işlerinin yapıldığı intermodal yük sahası, CFS alanı gibi amaçlar içinde alan öngörülmüştür.